Pendiri MES adalah perorangan, lembaga keuangan, lembaga pendidikan, dan badan usaha yang tertarik untuk mengembangkan ekonomi syariah. MES berasaskan syariah Islam serta tunduk pada peraturan perundang-undangan yang berlaku di Republik Indonesia sehingga terbuka bagi setiap warga negara tanpa memandang suku, ras, dan keyakinan agamanya.

Pada awal pendiriannya, MES hanya diperuntukkan di Jakarta. Namun, ternyata kegiatan yang dilaksanakan oleh MES memberikan ketertarikan bagi rekan-rekan dan masyarakat di daerah untuk melaksanakan kegiatan serupa. Karenanya, disepakati untuk mendirikan MES di daerah-daerah dengan ketentuan nama organisasi dengan menambahkan nama daerah di belakang kata MES. Organisasi MES di daerah-daerah tersebut berdiri masing-masing secara otonom. Nama MES dan peran aktifnya yang semakin terasa menyebabkan banyaknya pemintaan izin pendirian MES di daerah lainnya. Fenomena ini mendorong Pengurus MES di Jakarta untuk menyatukan seluruh organisasi tersebut dalam satu organisasi bersama. Desakan untuk menyatukan organisasi semakin kuat. Pada Mei 2006, diselenggarakan Musyawarah Nasional Luar Biasa MES, bertepatan dengan penyelenggaraan Indonesia Sharia Expo pertama di Indonesia. Dalam pertemuan tersebut, disepakati untuk menghimpun seluruh MES di daerah dalam satu organisasi bersama yang bersifat nasional. Pengurus MES di Jakarta ditetapkan sebagai Pengurus Pusat dan ditugaskan untuk menyusun perubahan AD/ART organisasi.

Pada tanggal 3-4 November 2008, MES melaksanakan Musyawarah Nasional pertama sebagai forum tertinggi organisasi. Dalam pertemuan tersebut diputuskan beberapa hal mengenai langkah MES ke depan, di antaranya penyempurnaan AD/ART MES dan penetapan Garis Besar Kebijakan Organisasi (GBKO), program kerja nasional, serta rekomendasi dan pemilihan Ketua Umum.